生花甲的保存方法有多種，主要包括：
鹽水養法。使用鹽水浸泡花甲，確保鹽分足夠，使花甲開始露頭，這模仿了它們的自然生存環境。這種方法適用於長期保存，但需要較大的空間和良好的養殖條件。
冷藏法。將花甲放入冰箱冷藏室，使用海鹽泡的水來維持其溼度。在冷藏時，應確保花甲沒有直接接觸冰水，避免受潮變質。理想的冷藏溫度爲0-4℃，並儘量在3天內食用完畢。
真空包裝法。將清洗乾淨的花甲放入真空袋中，抽出空氣後密封，以減少變質的可能性。
烹飪後保存法。將烹飪後的花甲放入保鮮袋中，連同湯汁或調料一起保存，適合短期保存。
快速冷藏法。將剩餘的花甲裝入保鮮袋或塑料密封盒中，減少空氣接觸後放入冰箱冷藏室。
蒸煮保鮮法。高溫蒸煮花甲後，晾涼並妥善保存。
無論哪種方法，都應在食用前檢查花甲的新鮮度，確保沒有異味、變色或變軟等情況。同時，避免將花甲與其他食品混放，定期清理存放環境以保持衛生。