番茄發芽的原因主要有以下幾點：
溫度過高。番茄喜歡溫暖溼潤的環境，但溫度超過30℃時，番茄籽內的胚芽會被激活，導致發芽。
溼度過高。番茄籽含有足夠的水分，當溼度較高時，種子表面的水分會透過種子殼，進入種子內部，導致胚芽活化。
時間過長。長時間存放的番茄籽容易發芽，尤其是那些長時間沒有被包裝密封、暴露在外的番茄籽，容易受到外界溼度、溫度等環境影響。
番茄種子內儲存的養分被啓動。當番茄成熟後，種子會開始釋放水分，在一定的溫度和溼度下進行萌芽。
番茄在採摘後有一箇短淺的休眠期。在休眠期內，種子受到果液酸含量的抑制不會發芽。當番茄經過長時間存放後，空氣滲透果漿裏面促使種子進行呼吸作用，然後開始發芽。
番茄在運輸過程中如果發生擠壓，遇到空氣進入，其內部也有可能發芽。
番茄在冷庫中存儲時間過長。隨着存儲時間的延長，西紅柿自身會產生有利於萌發的激素物質，一旦拿到室溫環境下，遇到合適的條件，西紅柿就會發芽。
番茄種子富含各種營養和激素物質。爲發芽提供了充足的營養。
需要注意的是，發芽的西紅柿芽含有有毒物質龍葵素，應避免食用。