百合目包括以下科：
六出花科 (Alstroemeriaceae)
金梅草科 (Campynemataceae)
秋水仙科 (Colchicaceae)
百合科 (Liliaceae)
拔葜科 (Luzuriagaceae)
黑藥花科 (Melanthiaceae)
刺藤科 (Petermanniaceae)
雨久花科 (Pontederiaceae)
石蒜科 (Amaryllidaceae)
薯蕷科 (Dioscoreaceae)
鳶尾科 (Iridaceae)
百部科 (Stemonaceae)
蒟蒻薯科 (Taccaceae)
美麗腐草科 (Corsiaceae)。
這些科共同構成了百合目，其中有些科如六出花科、金梅草科和秋水仙科等，包含了特定的屬和種，它們在形態和分佈上各有特點。