盆栽修根通常有兩種情況：
植株老化翻盆時的修根。在翻盆時，需要清理掉盆底一層土壤，修去老化、盤結的根系，然後加上新的土壤，再把植物種回去。這種方法適合根系強大密集的植物，如吊蘭、藍目菊、瑪格麗特和扶桑等。翻盆修根的最佳時間是在花期之外，葉芽即將生長的時候，如春季葉芽萌發之前。目的是去除老化根系，誘發植物產生更多的側根，恢復其吸收肥水的能力。對於生長迅速的植物，如吊蘭，可以每年修根一次；而對於生長較慢的植物，如月季，2至3年修根一次即可。
小盆移栽大盆時的修根。當植物從小盆移栽到大盆時，如果根系已盤根，圍繞原盆形成固定的形狀，則需要打散並適當修剪，以防止根系無法向外發展。這樣處理後，根系會主動向外部延伸，與新土融為一體，從而促進植物在新環境中的生長。
在進行修根時，需要注意以下幾點：
避免在生殖生長時期進行修根，如孕蕾、開花和結果時。
避免在高溫時期修根，因為這時植物處於半休眠狀態，根系恢復緩慢，且易腐爛。
修根後應避免暴曬，需要一段時間的緩根，等待有生長跡象後再進行正常養護。
修根後不宜立即施肥，應等植物恢復生長一段時間（大約一個月）後，從薄肥開始逐漸增加施肥量。
修根後可以澆透一次水，但不可積水，保持土壤略偏乾燥，以避免根系傷口腐爛。