真菌和細菌的區別如下：
生物類型：細菌沒有核膜包圍形成的細胞核，屬於原核生物；真菌有核膜包圍形成的細胞核，屬於真核生物。
細胞結構：細菌沒有成型的細胞核，只有擬核，且沒有染色體；真菌具有成型的細胞核，且有染色體，即真菌細胞核中的DNA與蛋白質結合在一起形成染色體（染色質）。
增殖方式：細菌通過細胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式，如二分裂；真菌增殖方式主要有出芽生殖和孢子生殖等方式。
細胞大小：原核細胞一般較小，直徑一般爲1納米至10納米；真核細胞較大，直徑一般爲10納米到100納米。
此外，兩者在名稱組成、細胞壁成分、細胞器組成、致病性等方面也存在差異。