陰莖短小的原因可能包括內分泌系統異常、肥胖、陰莖硬結症、隱匿陰莖、尿道下裂等。具體如下：
內分泌系統異常。如雄激素分泌不足可能導致陰莖發育不良，可以通過藥物治療。
肥胖。過多的脂肪可能影響陰莖發育，減肥是有效的方法之一。
陰莖硬結症。如白膜纖維樣硬結會導致陰莖不能伸直，可以通過藥物治療。
隱匿陰莖。過多的皮下脂肪可能使陰莖看起來短小，手術矯正可能有效。
尿道下裂。這是一種先天性畸形，可能需要手術治療。
此外，勃起功能障礙、不良生活方式、遺傳因素、精神心理因素等也可能導致陰莖短小。建議及時就醫，明確具體原因後進行對症治療。