硝化細菌的使用方法包括以下幾個要點：
提供附著濾材。確保有適合硝化細菌附著的濾材，如陶瓷環或生物球，沒有濾材，增加硝化細菌的量也不會有效。
適宜溫度範圍。硝化細菌在理論上在5到40度之間可以存活，20到35度間作用最好，在實際使用中，只要水面沒有結冰，一般不需要特別關注溫度問題。
適量使用。每種品牌的硝化細菌都有自己的推薦用量，例如100升水使用一粒，開缸時建議加倍使用量，日常換水時則根據魚缸情況適量添加。
激活與食物來源。開缸時，硝化細菌需要食物和氧氣，食物可以通過闖缸魚、舊濾材或專門的菌糧獲得，氧氣可以通過保證水泵充分循環或使用氧氣泵來提供。
定期監測水質。使用水質測試套件定期檢查氨、亞硝酸鹽和硝酸鹽的水平，確保這些指標保持在安全範圍內。
保持穩定條件。維持水溫、pH值和其他水質的穩定，以支持硝化細菌的健康和活性。