碳酸磷灰石的形成原因如下：
腎小管酸中毒。這會干擾腎臟對酸鹼平衡的調節，進而影響鈣的吸收和利用，可能導致碳酸磷灰石的形成。
原發性的甲狀旁腺功能亢進。這種情況下，甲狀旁腺激素水平升高會促進骨鈣釋放入血，增加結石形成的風險。
長期高鈣、低鎂飲食。以及攝入過多的動物內臟和海鮮，這些飲食習慣會增加結石形成的風險。
長期處於環境污染嚴重的地方。如暴露於鉛、鎘等重金屬離子，這些物質可能對腎臟造成損害，導致碳酸磷灰石結石的發生。
服用某些藥物。如噻嗪類利尿藥、維生素D等，這些藥物可能促進結石的形成。
遺傳因素。有家族性發病史的人群更容易患上碳酸磷灰石結石，因為遺傳基因會影響人體對鈣質的吸收和排泄功能。
生活習慣不良。如經常熬夜、抽菸、喝酒、不喝水、不愛運動等。
泌尿系統的異常。如泌尿系統感染、梗阻、腎小管酸中毒等。
代謝性疾病。如高鈣血症、高尿酸血症等，會增加結石形成的風險。
此外，尿液的pH值大於7也是一個重要因素。