磷酸沉澱作用主要涉及磷酸根離子與土壤溶液中的鐵、鋁或鈣、鎂等離子反應，生成磷酸鐵、磷酸鋁或磷酸鈣鹽等固相化合物。這種作用受形成的化合物的溶度積控制，通常具有較小的可逆性。
在水處理過程中，磷酸可以作為一種化學藥劑，促進顆粒的凝聚與沉降，從而提高水質。磷酸的作用機理包括凝聚顆粒、增加顆粒密度以及促進濾料表面的微生物生長。
在污水處理中，磷酸可以與污水中的磷形成難溶的磷酸鈣、磷酸鐵等沉澱物，從而去除污水中的磷。此外，磷酸還能促進污泥的沉澱和澄清，提高污水處理效率。
磷酸鈣-DNA共沉澱法（簡稱磷酸沉澱法）是一種用於將外源基因導入細胞的技術。這種方法通過將DNA與CaCl2混合後加入到PBS中形成DNA磷酸鈣沉澱，然後將含有沉澱的混懸液加入到培養的細胞上，以實現基因的轉染。這種方法因其試劑易得、價格便宜而被廣泛套用於科學研究。