祁姓的起源有多個來源，主要包括：
出自春秋時晉國公族。春秋時期，晉獻侯的第四世孫奚是晉國大夫，被封於祁（今山西省祁縣），因此以「祁」為姓，祁奚的字是黃羊。
出自姬姓，是黃帝的後代。黃帝給其中的十四個兒子分封了十二個姓氏，其中就有祁姓。
出自陶唐氏，堯帝的後代。帝堯伊祁氏的後代中有祁姓。
出自周時司馬祁父之後，以名為氏。祁父是管理兵甲的官職，後世以官命姓。
出自其他族群，如清滿洲人、蒙古人、土族祁嘎氏、今土家、彝、滿、保全、東鄉、回等民族。
此外，還有源自春秋時期鄧國鄧侯的諡號說。這些來源展示了祁姓的多樣性和豐富性。