祕密講述的是一箇平凡家庭遭遇悲劇後，發生的一系列不平凡事件。故事的主角杉田平介，他的妻子直子和女兒在一場車禍中遭遇不幸，妻子直子爲了保護女兒而去世，女兒藻奈美雖然倖存，但她的身體裏卻住着直子的靈魂。這個家庭的祕密是，藻奈美的身體裏實際上是直子的靈魂，而直子的身體則變成了藻奈美的身體。杉田平介必須面對這種亦妻亦女的奇妙關係，他決定保守這個祕密，並努力照顧“妻子”直子和“女兒”藻奈美。
這個故事探討了倫理、家庭、愛情和身份的複雜關係，以及面對困境時人們的選擇和責任。東野圭吾通過這個故事展現了對人性和情感的深刻理解，以及對生活困境的獨特洞察。