祝姓的起源有多種說法，主要包括以下幾個來源：
出自姬姓，為黃帝之裔。周武王封黃帝的後代於祝地（今山東省長清東北祝阿故城），建立了祝國，其後代以國名為姓。
出自己姓，祝融之後。祝融是遠古時期的火神和氏族首領，其後代中有一部分以官職命姓為祝氏。
以官職為姓。古代有巫史祝祀之官，負責主持祭祀活動，這些官員的後代繼承了官職，並採用官職名稱「祝」作為姓氏。
出自他族改姓。包括北魏時期的叱盧氏改為祝姓，以及清朝滿洲八旗中的愛新覺羅氏、喜塔喇氏等，以及傈僳族、滿族、瑤族、彝族、土族、蒙古族等民族中也有改姓祝的情況。
這些不同的來源表明祝姓有著豐富的歷史背景和多元的文化構成。