《秒速5厘米》故事簡介如下：
貴樹與明里青梅竹馬，隨著貴樹的搬家兩人開始用書信聯繫，隨著時間的推移，兩人由於羞澀和害羞沒有及時表達自己的感情，逐漸疏遠。直到某天，明里在樹下送走了遠望出國的貴樹。在離別的時刻，明里送給了貴樹一個許願瓶，希望願望瓶能幫他們傳達心聲。
就在許願瓶傳遞的途中，故事以13封寄給貴樹的信件與一個由貴樹拍攝的sakura花的短片為記錄方式，通過描寫貴樹與一名少女的擦肩而過，兩人由於羞澀和怯弱沒有及時表達愛意，錯身而過。最後，故事回到貴樹身上，他還是單身一個人，但是身邊已經不再有明里的身影。畢業之後分別出現的陌生女子是代替明里的位置而存在的人。
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