《秦時明月之夜盡天明》講述了荊軻刺秦失敗後，秦王政（陸毅飾）下令追捕秦國通緝的逃犯，燕國太子姬丹（胡冰卿飾）派出墨家頭領荊天明（秦俊傑飾）和醫家傳人端木蓉（陳妍希飾）入鹹陽進行一系列的調查。同時，墨家統領班老頭派出白鳳（張馨予飾）刺探秦王虛實，而另一位統領高月（耿樂飾）則暗中與天明一同成長的故事。
在這個故事中，天明的身世之謎、墨家機關城的危機、月兒的真實身份以及荊軻的身前身後事，都被巧妙地編織在一起，展現了秦朝的政治、文化、戰爭以及江湖恩怨等多個層面的內容。故事中充滿了懸疑和冒險，同時也傳遞了許多關於友情、成長、責任和愛的主題。