稽查流程通常包括以下幾個步驟：
選案環節。稅務機關或相關機構根據一定的風險評估選擇需要進行稽查的納稅人。選擇方式可能包括人工選案、計算機選案、基於舉報等。
檢查環節。一旦確定稽查對象，檢查科會根據選案科的企業名單組織稽查人員進行稅務稽查。稽查人員會採取必要的稽查方法，如調取賬簿資料、實地檢查、詢問負責人或相關人員等，收集案件的相關證據。
審理環節。檢查結束後，審理科會對案件進行審理，並基於檢查人員的初步意見作出最終決定，形成結論性文書。對於涉案金額較大的案件，可能需要提交給重大稅務案件審理委員會或相應機構進行審理。
執行環節。根據審理結果，執行部門會要求被稽查單位進行補繳稅款、滯納金、罰款等操作。執行完畢後，形成執行報告，並將相關檔案交給案件管理人員。
在整個稽查過程中，被稽查單位有權利提出異議。如果異議被接受，可能會進入行政複議等後續程式。在整個流程中，確保所有操作合法合規是非常重要的。