根據提供的信息，穆念慈的去世情況如下：
小說《射鵰英雄傳》中的結局：
穆念慈在楊康死後，獨自返回牛家村，生下楊過並撫養他。在楊過十一二歲時，穆念慈因病去世。
小說《神鵰俠侶》中的描述：
穆念慈在楊過十一二歲時被毒蛇咬傷，毒發而死。
其他來源的信息：
穆念慈在楊康死後，因連續咳嗽幾年，最終鬱鬱而終。
另一種說法是，穆念慈在楊過十一歲時因病去世。
綜上所述，穆念慈的去世原因在不同的敘述中有所不同，但可以確定的是，她在楊過十一二歲時去世，原因可能是病逝或被毒蛇咬傷。這表明金庸在不同作品中對於穆念慈的結局有所調整。