根據提供的信息，穆罕默德·艾倫的死因如下：
執行注射死刑：
執行時間：2009年11月10日晚上9時許。
執行地點：維吉尼亞州里奇蒙德市的格林斯韋爾拘留中心。
死因：注射死刑。
此外，搜尋結果中提到的其他信息，如約翰·艾倫·穆罕默德的犯罪行為和受害者情況，雖然與他的死因不直接相關，但提供了背景信息，有助於全面理解事件。
需要注意的是，搜尋結果中提到的「哈立德死得很不光彩,死因是縱慾過度,藥物過量」與穆罕默德·艾倫的死因無關，這部分信息描述的是另一個人物的死因，而不是詢問中的穆罕默德。因此，這部分信息在回答中不應被包含。