端午節的菖蒲故事主要與屈原有關。
屈原是楚國的一位賢臣，他有著堅定的信仰，他的政治主張、高尚的品質和頑強的鬥爭精神，卻受到奸佞小人的嫉妒，幾度被誣陷。在無法忍受的情況下，屈原寫下了絕筆《懷沙》，然後將滿腔憂憤都傾注在江底。他跳江自盡後，楚國人民怕水中的魚吃掉屈原的身體，他們將米用艾葉包裹，投下江中餵魚，由此發展成今天的端午節。菖蒲則是在屈原跳江後為防止水怪吃掉屍體而撒下的。
端午節的時候，人們還會採集菖蒲作為劍來驅邪。這個習俗源於一個神話：天上瘟神十分放縱地終日散播瘟疫，毒死了無數黎民。得知武將呂岳使用的武器就是這劍，於是在他的身上佩帶了毒艾，隨後用草藥塗抹眾生的身上便可克制瘟疫。從此後毒害百姓的瘟疫受到抵擋和制裁，皆大歡喜。於是後世人汲取教訓把雄黃酒塗額、戴香囊、掛菖蒲、放煙火、燃艾葉的習俗來驅瘟避邪。
總的來說，菖蒲在端午節的故事中扮演了重要的驅邪角色，與屈原的傳說緊密相連。