細菌和真菌是兩種不同的微生物，它們在多箇方面有顯著的區別：
細胞結構不同。細菌沒有核膜包圍的細胞核，屬於原核生物，是單細胞的生物；真菌具有核膜包圍的細胞核，屬於真核生物，可以是單細胞的生物，如酵母菌，也可以是多細胞的生物，如食用菌和黴菌。
細胞器組成不同。細菌只有核糖體一種細胞器；而真菌除了核糖體外，還具有內質網、高爾基體、線粒體、中心體等多種細胞器。
DNA的存儲方式不同。細菌沒有染色體，其DNA分子單獨存在；而真菌的細胞核中的DNA與蛋白質結合在一起形成染色體（染色質）。
細胞大小不同。原核細胞一般較小，直徑通常爲1至10納米；而真核細胞較大，直徑通常爲10至100納米。
增殖方式不同。細菌通過二分裂法進行增殖；而真菌的繁殖方式主要包括出芽生殖和孢子生殖。
致病性不同。細菌多數情況下起病較急，健康人容易感染，通常使用抗生素治療；而真菌多數情況下起病較慢、隱匿，通常需要使用抗真菌藥物治療，因爲它們通常在宿主的免疫力下降時過度繁殖。
這些區別使得細菌和真菌在醫學和生態學等領域有着不同的應用和關注點。