羊鞭酒的製作方法主要有兩種不同的流程。以下是詳細介紹：
傳統浸泡法。這種方法包括將牛鞭、羊鞭、狗鞭等原料切成薄片並清洗乾淨，然後在50至60℃的低溫下乾燥。其他藥材如蜈蚣等粉碎成粗粉，與乾燥後的動物鞭片一起放置在浸泡缸中。適量的冰糖溶於白酒後也加入缸中，然後密封浸泡45至60天。之後取出上清液，使其成為1000毫升，靜置、濾過並分裝，即可得到羊鞭酒。
現代工藝法。這種方法首先涉及使用蛋白酶（如木瓜蛋白酶）將羊鞭原料酶解成小分子的肽和胺基酸，製成羊鞭多肽濃縮液。接著，採用白酒浸提其他溫補腎陽的中藥材原料，獲得中藥浸提液。然後將羊鞭多肽濃縮液與中藥浸提液按一定配比混合，再通過勾兌調整至所需酒精度，即得羊鞭多肽酒。這種方法利用生物酶解技術提高羊鞭成分在酒中的含量，並使其更易被人體吸收。