肖姓的起源較為複雜，主要包括以下幾個方面：
出自黃帝後代的肖姓。一種說法是黃帝的孫子肖泰（太康）以其名字作為姓氏，形成了肖姓。
出自戰國時期齊國將軍肖武的後代。另一種說法是肖姓起源於戰國時期的齊國，齊國國君的屬下有一位功勳卓著的將軍名叫肖武，後來以其名字作為姓氏。
出自宋國公子武的後代。還有說法指出肖姓出自春秋時期宋國的公子武的後代，其子孫以其名字為姓。
出自子姓，以國為氏。商王帝乙的庶子微子啟被周朝封為宋公，其弟弟仲衍的後裔大心被封在肖地，其後代以肖為姓。
外族改姓。在魏晉南北朝時期，北方戰亂頻繁，中原百姓南逃，一些外族入居華北，其中包括改姓為肖的。
此外，還有說法提到「肖」姓在1977年被簡化為「肖」，因此許多蕭姓人口被改為肖姓。不過，這種簡化在後來被正式廢除，但由於戶籍管理部門的相關規章，更改姓氏較為困難。