自考本科與全日制本科有幾個主要區別：
入學方式。全日制本科生需要參加高考，並根據考試成績被高等院校錄取；自考本科生沒有入學考試，只要具備中華人民共和國國民身份，就可以報考，並通過自學考試的方式入學。
畢業條件。全日制本科生需修滿學校規定的學分、完成畢業論文並通過論文答辯；自考本科生需要具備大專前置學歷，完成專業考試計劃規定的理論課程和實踐環節課程的考核，且成績合格。
畢業證書。全日制本科的畢業證書由高校單獨頒發；自考本科的畢業證書則由主考高校與高等教育自學考試委員會聯合頒發。
學習方式。全日制本科生通常在校內上課，有固定的學制和學籍要求；自考本科生主要是自學，沒有固定的學制和學籍要求，學習方式較為靈活。
招生對象。全日制本科主要針對高考生；自考本科面向在校大專生、大專畢業生、社會人員和在職人員等。
考試難度與機會。全日制本科生的考試通常為高考，難度較大，科目較少；自考本科的考試相對簡單，機會多，對考試次數的限制較少。
學費。全日制本科的學費因專業和院校而異，一般較高；自考本科的報考費用是全省統一的，通常較低。