舟山港口包括多箇港區，具體有：
寧波舟山港：由鎮海、北侖、大榭、穿山、梅山、金塘、衢山、六橫、岑港、洋山等19個港區組成，擁有620多座生產泊位，其中萬噸級以上大型泊位近170座，5萬噸級以上的大型、特大型深水泊位超過100多座。
舟山碼頭：包括海豐碼頭、蜈蚣碼頭、沈家門碼頭、港航碼頭、漁政碼頭、墩頭碼頭、普陀山碼頭、岱山碼頭、岙山碼頭、鴨蛋山碼頭、三江碼頭等。
舟山保稅港區：分爲舟山海洋科學城(釣梁區塊)、衢山島、岱山大長塗島三個區塊，功能定位包括保稅倉儲、開展國際轉口貿易產業、大宗散貨國際貿易服務等。
舟山港域：包括定海、老塘山、馬岙、沈家門、高亭、衢山、泗礁、六橫、金塘、綠華山和洋山等11個港區。
這些港區和碼頭共同構成了舟山港口的主要組成部分，服務於國內外航運和貿易需求。