芽孢染色失敗的原因可能包括：
菌體未固定：在染色過程中，首先需要將菌體固定在載玻片上，以防止在後續操作中被沖洗掉。如果菌體未固定或固定不充分，沖洗時菌體容易被沖走，導致染色失敗。
孔雀石綠溶液處理不當：在加入孔雀石綠溶液後，需要將載玻片在酒精燈上加熱至剛剛冒熱氣，然後立即移開。加熱過度或不足都會影響染料進入芽孢的能力，從而影響染色效果。加熱過度可能導致載玻片乾燥，而加熱不足則可能導致染料無法進入芽孢，導致染色不上。
操作失誤：在實驗過程中，如加熱過快導致染液沸騰、玻片受熱不均導致玻片斷裂等操作失誤，都可能導致實驗失敗，進而影響芽孢的染色。
觀察不到芽孢和細菌：如果在實驗結束後觀察時沒有觀察到芽孢及細菌，這通常意味著芽孢和細菌沒有被成功染色，從而宣告實驗失敗。
為了成功進行芽孢染色，應確保菌體得到充分固定，孔雀石綠溶液的處理溫度和時間得到精確控制，並且在實驗過程中避免操作失誤。此外，必要時可以在片子上做記號，以避免混淆正反面。