保存苜蓿芽的方法主要有以下幾種：
冷藏保存。將清洗乾淨的苜蓿芽裝入有透氣孔的塑料袋中，然後放入冰箱冷藏。這種方法不僅延長其保鮮時間，還有可能促進其繼續成長。冷藏時，注意控制溫度和溼度，理想儲藏溫度約爲15℃，溼度控制在10%至15%，以防止黴菌和細菌的生長。
快速冷凍。對於需要長期保存的情況，可以選擇將苜蓿芽進行快速冷凍。這包括將清洗和消毒處理後的苜蓿芽放入密封袋中，然後在-18℃以下的環境中冷凍。
短期儲存。如果空間允許，可以直接將種植苜蓿芽的容器放入冰箱，這樣可以保鮮四至五天。在此期間，應定期檢查是否有變色跡象，一旦發現變色，應立即挑出來。
此外，在保存過程中，注意防蟲防黴也非常重要，可以在儲存處放置紅木或苯甲酸乾燥劑來預防蟲害和黴變。需要注意的是，無論採用哪種保存方法，都應確保苜蓿芽處於乾燥狀態，以避免腐爛。