菌這個字在漢語中有兩種讀音，分別是「jūn」和「jùn」。 通常情況下，當表示細菌、真菌、黏菌等微生物時，或者用於一些特定詞語如「病菌」「無菌」「菌肥」等，讀作「jūn」。而當表示真菌中的傘菌科植物，如蘑菇等食用菌時，讀作「jùn」。