菱角的保存方法主要取決於是否去殼以及保存時間的長短。帶殼的菱角可以直接冷藏，使用塑膠袋時需留有小洞以保持通風，這樣可以保存較長時間，但注意冷藏時間越長，口感可能越差。如果不在冰櫃中冷藏，可以將帶殼的菱角放在保鮮盒中，置於陰涼乾爽處，這樣可以保存一至兩天。
去殼的菱角應先用保鮮袋或保鮮盒密封好，然後放置在陰涼處或冰櫃中保存，這樣可以保存大約一至兩天的時間。另外，將新鮮的菱角攤放在陰涼通風處，避免潮濕和陽光直射，可以保證菱角的新鮮度並減少腐爛的可能性。如果選擇將菱角放在清水中保存，應經常換水以保持水質乾淨，這種方法適用於短期保存。
煮熟後的菱角可以在常溫下保存，但建議在24小時內食用。若需冷藏，應裝入保鮮袋中並留一個小口保持通風，保存時間不宜超過2天。需要注意的是，冷凍保存不適用於新鮮的菱角，因為低溫會破壞其細胞組織，導致水分和營養成分流失，影響口感和營養價值。