《萊莎的鍊金工房～常暗女王與秘密藏身處～》的主角萊莎是一位生活在庫肯島上的平凡農家女孩。她擁有旺盛的好奇心，不甘於平凡的日常生活，因此與兒時夥伴一起探索野外，並在探險過程中遭遇了強力魔物。在關鍵時刻，一位神秘的鍊金術師施展鍊金術救下了她們。這次經歷讓萊莎對鍊金術產生了濃厚的興趣，並決定追隨這位鍊金術師學習鍊金術。
在鍊金術師的指導下，萊莎和夥伴們開始學習鍊金術，並在小妖精森林的廢棄建築中開設了「萊莎的鍊金工坊」，開始了她們的創業之路。隨著故事的發展，萊莎和夥伴們運用鍊金術為小鎮上的人們排憂解難，並在享受探索鍊金奧秘的同時，面臨了本不該出現在這個世界的魔界外來物種的侵襲。在這個過程中，萊莎和她的夥伴們擔負起了拯救小鎮的重任。
儘管面臨大人們的批評和誤解，萊莎仍然堅持自己的夢想，並在島的對岸建立了鍊金工房作為她們的秘密基地，這個鍊金工房也是故事中所謂的「秘密藏身處」。