蓮花生大士有很多神奇的故事，比如飛在空中講故事、金剛薩錘邪法、天降身法等。以下是其中的兩個故事：
一個是白傘蓋佛母授記。蓮師曾為很多弟子傳法時，都示現不同的身相，其中最廣為流傳的是示現蓮花的形象。在藏地，人們相信只要得到蓮師的授記，就會得到無上的加持。授記時，蓮師曾從頭頂飛出，手中還持著一把傘蓋，而傘蓋也象徵著蓮師的弟子能夠永遠不會退轉的意思。
另一個故事是六年閉關的奇特事件。在此期間，一個寂靜的地方僅現身一心想親近上師足蹤的小男孩，被視為重中之重，不僅替蓮師斟茶倒水、抱坐墊等侍奉上師，並且陪同誦咒。這個小男孩是由蓮花光在因地的幻化而成，對持誦咒語有不可思議的功用。當孩子由附近回家時，所有的家庭皆變得和睦美滿。上師空行安住在靈光法界當中，一般情況則不去任何閉關房現身。然而在決定開示灌頂之時，特別慈悲現身於所有弟子的上方作以護持，準備以最殊勝的法灌他們。此閉關房具有加持不退轉的特色。
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