番茄種子處理的方法有多種，以下是幾種常用的處理方法：
溫湯浸種。這是一種常用的方法，包括用清水預浸泡種子1~2小時，然後撈出種子放入55攝氏度的溫水中，維持水溫均勻浸泡15分鐘，再繼續浸種3~4小時後進行催芽。
高錳酸鉀溶液浸種。配置一千倍的高錳酸鉀溶液（即取一克粉劑加入一升的水進行攪拌），將番茄種子放入杯中進行攪拌，讓種子與藥液充分接觸，然後靜置15分鐘。浸種後，反覆清洗種子以防止殘留的高錳酸鉀溶液對種子造成灼傷。
化學藥劑處理。如用10%磷酸三鈉溶液浸泡種子20分鐘，然後用清水沖洗20~30分鐘。
經過處理的種子可以直接播種，也可以經過催芽後再進行播種。催芽方法包括將種子取出放在濕的紙巾中包好，放入盒子、密封袋等容器中，置於25~30度的環境中，每天保持紙巾濕潤，直至種子發芽露白即可播種。
以上方法不僅可以增強種子的抗病能力，防止病害，還能促進種子快速萌發，提高發芽率。