第二次蘇丹內戰持續時間爲1983年至2005年。
這場戰爭主要發生在蘇丹南部，是第二次世界大戰後平民死亡人數最多的戰爭之一，大約有190萬名南蘇丹平民死亡，以及超過400萬人被迫離開家園。戰爭的起因是蘇丹總統加法爾·尼邁裏在1983年宣佈廢除《亞的斯亞貝巴協定》，取消南方自治，並在全國實施伊斯蘭教法，這引起了南蘇丹大多數非穆斯林居民的強烈不滿。戰爭初期，以約翰·加朗爲首的南方官兵發動兵變，成立了“蘇丹人民解放軍”（SPLA），並在埃塞俄比亞的支持下開展反政府武裝活動，這場戰爭最終在2005年1月，作戰雙方簽訂《全面和平協定》後結束，南蘇丹隨後宣佈獨立。