蘇格蘭瑪麗女王的密碼故事有多種版本，以下是其中兩個版本：
版本一：
瑪麗女王在囚禁期間，為了與外界保持聯繫，她使用了一種隱藏的密碼語言。她會在紙上畫出城堡、樹木、鳥類和其他自然元素，用來描述她的生活環境和感受。她還會畫出符號和標記，用來表示日期、時間和她的計畫。她將這些密碼交給她的秘密使者，讓他們傳遞給她的支持者，以保持她和外界的聯繫。雖然密碼可能難以被破解，但瑪麗女王最終還是被擒獲。
版本二：
蘇格蘭瑪麗女王曾使用一種稱為“莫爾斯電碼”的密碼，用於與外界通信。她能夠通過在地板上用棍子戳來傳送信號，以表示字母和單詞。她的囚禁者無法理解這種密碼，直到一位聰明的看守者發現了它的含義。這個故事暗示了瑪麗女王具有出色的智慧和勇氣，以及她對自由的渴望。
總的來說，這些故事都強調了蘇格蘭瑪麗女王的天賦和聰明才智，以及她在被囚禁期間與外界保持聯繫的努力。然而，這些都是故事和傳聞，沒有確鑿的證據證明它們是真的。