蛋白質的分子量變化範圍很大，通常在6000到1000000道爾頓之間，有些甚至更大。這個範圍可以根據蛋白質的不同類型和功能進一步細分為：
低分子量蛋白：分子量在10000到500000道爾頓之間，這類蛋白通常與特定的生理過程相關，如某些類型的蛋白尿。
中分子量蛋白：分子量在50000到1000000道爾頓之間，這類蛋白與腎小球性蛋白尿有關，對腎臟疾病的診斷和治療有重要意義。
高分子量蛋白：分子量在100000到10000000道爾頓之間，這類蛋白通常與組織性蛋白尿有關。
在實驗分析中，對於分子量較小的蛋白（小於15kDa），需要特別注意實驗條件，如使用小孔徑的轉印膜以防止蛋白穿膜，以及使用特定的膠進行分離。而對於分子量較大的蛋白（接近或超過100kDa），則會被認為是大分子蛋白，在實驗處理時需要採取相應的措施。
此外，某些蛋白質是由兩個或更多個蛋白質亞基（肽鏈）通過非共價結合而成的寡聚蛋白質，這類蛋白質的相對分子質量可高達數百萬，甚至數千萬。這表明蛋白質的分子量不僅在其生物功能中起著關鍵作用，也在其結構和組成上展現出多樣性。