《鬼修女》的劇情主要圍繞1952年羅馬尼亞一個荒涼修道院中發生的一系列超自然事件展開。故事從一名修女的離奇自殺開始，這一事件引起了梵蒂岡的注意。梵蒂岡隨後派遣了神父伯克和實習修女艾琳前往修道院調查這一事件。在調查過程中，他們發現了一種恐怖的邪惡力量，這種力量試圖通過地獄之門闖入人間。同時，他們還發現了一個被惡魔瓦拉克（Valak）偽裝成修女的邪惡存在，這個惡魔使用其邪惡的力量將修道院變成了一個活人和受詛咒鬼魂之間的戰場。在這個充滿哥德式風格、陰鬱且神秘的宗教背景下，主角們面臨著失去生命、信仰和靈魂的危險。
此外，《鬼修女》也是《招魂》系列電影的一部分，為整個系列的故事背景增添了深度和複雜性。