豆腐乳變黑的原因主要是由於發酵過程中發生的褐變現象。豆腐乳是一種發酵食品，在製作過程中會引入特定的菌種進行發酵，這些菌種在適宜的條件下，如溫度和溼度，會促進豆腐中的糖和蛋白質分解，產生氨基酸、有機酸等物質。在這個過程中，豆腐中的酚類物質會被毛黴分泌的兒茶酚氧化酶催化氧化，形成黑色素，導致豆腐乳表面逐漸變黑。
褐變是一種常見的食品化學反應，不僅發生在豆腐乳上，也見於其他發酵食品，如葡萄酒、醬油等。溫度越高，褐變的速度越快，時間越長，顏色也會越深。因此，豆腐乳變黑是一箇正常的發酵過程，並不會影響其食用安全和質量。相反，變黑的豆腐乳通常會更加入味，口感更佳。
需要注意的是，如果豆腐乳變黑伴隨着異味或質地變化，可能是由於變質或污染，這時應避免食用。正確的保存方法，如密封並置於陰涼乾燥處，可以防止豆腐乳變質。