貓砂的鋪設厚度取決於貓咪的年齡和技能水平。對於已經會用貓砂的貓咪，一般建議鋪設5釐米以上的貓砂，這樣既節省又方便清潔，不容易粘底。對於沒有用過貓砂的幼貓或者貓咪還站不穩的情況下，貓砂應該鋪得薄一些，大約2-3釐米厚即可，以防止貓咪滑倒。
在日常使用中，貓砂盆上層鋪設的貓砂以3-5釐米爲宜，既可以保證乾淨衛生，又不會太厚。貓砂裏有便便之後，只需剷除這部分扔掉即可，其餘的部分可以繼續使用。如果是使用吸臭效果好的貓砂，比如豆腐貓砂，可以嘗試每半個月更換一次，根據適應情況逐漸增加更換比例。
在清理貓砂時，建議不要拿着鏟子在貓砂盆裏來回操作，這樣容易把貓砂弄碎產生大量粉塵。可以將貓砂盆慢慢掀起來，左右前後的掀，把尿團暴露出來，然後直接鏟走。如果是使用雙層貓砂盆，可以將水晶砂鋪在濾網上，下面一層鋪尿墊或者其它砂子，用來接住未被吸收而滲透下來的貓尿。
需要注意的是，不同類型的貓砂有不同的使用和清理方法。例如，膨潤土貓砂的粉塵比較大，容易被貓爪帶出來，需要配合腳墊使用，並且建議每1-2天清理一次貓砂盆內的結團，每週更換一次整盆貓砂。水晶貓砂會直接吸收貓咪的尿液，之後由透明色變爲黃色，只要剷出便便即可，但不可衝入馬桶，可能會造成二次污染。