賈寶玉和林黛玉不能在一起的原因主要包括血緣關係、性格差異、封建禮教束縛、家庭背景差異等。以下是詳細介紹：
血緣關係。賈寶玉和林黛玉是姑表親，他們的婚姻在倫理和遺傳上都不被當時的社會接受，從醫學角度看，這樣的血緣關係可能導致後代出現遺傳疾病。
性格差異。賈寶玉性格多情，對女性持尊重和保護的態度，而林黛玉生性多疑、缺乏安全感，這樣的性格差異導致兩人之間經常產生誤會和爭吵。
封建禮教束縛。林黛玉的高傲和才華使她不願意遵守當時的封建禮教，這與賈府的傳統觀念相衝突。
家庭背景差異。賈府是當時的權貴家庭，而林黛玉則是一個孤兒，她的家庭背景與賈府相差懸殊。
這些因素共同導致了賈寶玉和林黛玉無法克服的障礙，使得他們的愛情悲劇成為《紅樓夢》中一個核心的主題。