新世紀福音戰士的劇情主要圍繞以下核心元素展開：
背景設定。故事發生在未來，一場世界性的大災難「第二次衝擊」後，世界在廢墟之上重建。故事背景設定在東京，但故事情節發生在未來、一場世界性的大災難發生十五年後的東京。
主要角色。主角碇真嗣，一個14歲的少年，被父親碇元渡叫到第三新東京市。他被迫駕駛稱為「EVA」的巨大人型機器人與「使徒」戰鬥。碇真嗣的性格複雜，他既有著對父親的反抗，也有對同伴的關懷。
劇情發展。碇真嗣和其他角色如葛成美里、惣流·明日香·蘭格蕾和綾波麗的冒險和衝突。這些衝突不僅包括與使徒的戰鬥，還包括人物內心的掙扎和成長。
核心衝突。故事的核心衝突在於碇真嗣和其他角色對抗強大的使徒，同時探索自己的內心世界。隨著劇情的發展，觀眾可以看到碇真嗣從一個青澀的少年成長為一個有責任感和勇氣的戰士。
主題探討。影片深入探討了人類的存在意義、心理障礙、以及人類與神的關係。特別是通過NERV組織和「人類補完計劃」的介紹，觀眾可以了解到人類對自身存在的探索和追求。
綜上所述，新世紀福音戰士是一個深入探索人類心理、存在意義和面對挑戰的故事。它不僅是一部科幻動畫，也是一部探討人類本質和心理狀態的深刻作品。