辣椒根腐病的原因如下：
病原真菌感染。如腐皮鐮孢霉、疫霉屬、腐霉屬和絲核菌屬等。
土壤環境不佳。如土壤濕度過大、排水不良、土壤貧瘠或缺乏營養物質等，這些條件有利於病原真菌的繁殖和傳播。
栽培管理不當。如土壤板結、施肥不當、連續重茬種植（即在同一地塊連續種植辣椒而不輪作）等，這些做法可能導致根腐病菌在土壤中積累。
氣候異常。如育苗期溫度異常或移栽時溫度過高或過低，影響辣椒苗的生長和抗性，從而增加感染根腐病的風險。
辣椒根腐病菌能在土壤中存活多年，因此，控制病原真菌的數量和改善土壤環境是防治辣椒根腐病的關鍵。