辣椒根腐病的防治方法主要包括調整土壤酸鹼度、做好排水工作、使用有機肥料、滅菌處理、剪除病根、藥物治療、輪作換茬、杜絕初侵染源、科學管理防止積水、病株處理、加強栽培管理、藥劑防治等。這些方法可以分為以下幾類：
土壤管理。調整土壤酸鹼度至適宜辣椒生長的pH值6.0~7.5，使用有機肥料如牛糞、羊糞、雞糞等改善土壤質量，增加土壤透氣性和排水性能。在種植前進行土壤滅菌處理，可以使用化學或物理方法。
栽培技術。實行與大白菜、甘藍、大蒜等作物的輪作，合理灌溉，避免大水漫灌，保持土壤半乾半濕狀態。採用高壟栽培和塑膠薄膜覆蓋，增強根系透氣性。
病害處理。發現病株時及時拔除並燒毀，用土壤石灰消毒病穴。健康植株可以使用藥劑如甲基托布津、異菌脲等進行噴霧或浸根治療。
環境控制。調整環境條件如灌溉和通風，提高濕度和溫度，促進植物健康生長。
生物防治。使用如哈茨木黴菌等生物製劑進行土壤處理。
種子處理。播種前用溫水或化學藥劑浸種，提高種子抗病能力。
通過綜合運用這些方法，可以有效防治辣椒根腐病，保證辣椒作物的健康生長。