區分迷你鸚鵡魚的公母可以通過以下幾個主要特徵：
體型。公魚的體型通常比同齡的母魚更大，母魚則相對更小巧圓潤。
魚鰭長度。公魚的上下鰭拉絲較長，可能超過尾鰭，而母魚的上下鰭較短。
尾鰭顏色。成年公魚的尾鰭通常明顯發紅，而母魚則主要為黃色和綠色。
發情期的體色變化。公魚在發情期的上色位置主要在尾鰭，而母魚則是在腹部和背鰭。
頭部後方的特徵。公魚在頭部後方可能有肉狀瘤突起，而母魚則沒有。
背鰭和臀鰭的形狀。公魚的背鰭和臀鰭末端尖銳，呈深「V」形，母魚的則較短小，末端呈鈍角或U型。
繁殖期行為。公魚更喜歡活動在繁殖區域的外部空間，守護魚卵和領地，而母魚則主要負責產卵。
生殖孔的形狀。母魚的生殖孔呈圓形，繁殖時露出明顯的輸卵管，公魚的生殖孔呈現「V」形。
這些特徵在迷你鸚鵡魚成熟後更為明顯，在判斷公母時，建議綜合考慮多個特徵以提高準確性。