遊戲王元素英雄故事主要講述了主角玩家羽蛾（Egg Hero）與海馬（Marfin）之間的對決故事。
在故事中，羽蛾是一位對卡片遊戲非常熱衷的玩家，他最喜歡使用“元素英雄”（Elemental HERO）卡片組。元素英雄是一種使用“異熱同心武器”（Woad Heart Shield）作同調召喚的特殊卡片英雄，具有強大的戰鬥力和速度。他與其他玩家展開了激烈的卡片遊戲對決，並通過不斷的戰鬥挑戰自我和尋求更高的卡片技巧。
在與海馬的對決中，他們展示出許多刺激和驚險的場景，兩人各盡所能地發動技能和攻擊。其中有一段情節描述羽蛾在與一位擅長瞬間移動的對手對決中陷入困境，元素英雄憑藉同調召喚擊退對手後被其他人認可和崇拜，同時也受到了許多讚譽和鼓勵。這個故事表達了遊戲王中卡片遊戲的精神和挑戰自我的決心。
此外，遊戲王元素英雄的故事還涉及了許多其他角色和情節，包括黑暗力量的出現、神之卡片的覺醒、友誼與競爭等元素，為讀者呈現了一個豐富多彩的卡片遊戲世界。