《還珠格格》的大結局主要圍繞紫薇和小燕子的故事展開，以及他們與乾隆皇帝、福爾康、永琪等人之間的情感糾葛。以下是詳細情節：
紫薇的身份揭露：紫薇（林心如飾）帶著乾隆皇帝留下的信物，從濟南前往北京尋找失散多年的父親。在京城，她與小燕子（趙薇飾）結為好友，並在陰差陽錯中與小燕子互換了身份，成為了清宮中的「還珠格格」。
紫薇的困境：紫薇被皇後（戴春榮飾）陷害，遭受嚴刑拷打並被關進密室。小燕子發現紫薇失蹤後，與福爾康（周傑飾）等人夜探慈寧宮，終於找到奄奄一息的紫薇。小燕子請求乾隆出面，成功將紫薇救出。
情感糾葛：
紫薇與福爾康的感情逐漸加深，而小燕子與永琪（蘇有朋飾）之間也產生了情愫。但由於身份的差異，四人都不敢表露心跡。
在一次行刺事件中，紫薇擋下了致命一刀，展現了她的勇敢和犧牲精神。這一事件加深了乾隆對紫薇的親情。
結局：
藏王和公主塞婭（張恆飾）來訪，與大清武將比武，最終被爾康擊敗，乾隆龍心大悅。
最終，紫薇和小燕子的身份得以澄清，他們與乾隆、福爾康、永琪等人的關係也得到了和解。乾隆南巡下江南時，紫薇、爾康、永琪、小燕子等一併同行，故事以一個溫馨和諧的場景收場。
通過這一系列的事件和情感糾葛，《還珠格格》的大結局不僅展現了人物之間的深厚情感，也體現了正義和勇氣的最終勝利。