酶的命名方法主要包括以下兩種：
習慣命名法。這種方法主要根據酶的作用底物或性質來命名，例如，催化水解澱粉的酶被稱為澱粉酶，催化水解蛋白質的酶被稱為蛋白酶。有時也會在酶的名稱前加上來源，以區分不同來源的同一類酶，例如，胃蛋白酶和胰蛋白酶。
國際系統命名法。這種命名方法更為系統和科學，它規定每種酶的名稱應明確標明酶的底物和催化反應的性質。如果一種酶催化兩個底物起反應，應在其系統名稱中包括兩個底物的名稱，並以冒號將它們隔開。若底物之一是水時，可將水略去不寫。根據酶催化反應的類型，國際酶學委員會將酶分為六類，包括氧化還原酶類、轉移酶類、水解酶類、裂合酶類、異構酶類和連線酶類，每一類又分為若幹個亞類，每個亞類按順序編成1、2、3、4等數字，每個亞類可再分為亞亞類，繼續用1、2、3、4等編號。每一個酶的分類編號由四個數字組成，數字間由「.」隔開，第一個數字指明該酶屬於6個大類中的哪一類，第二個數字指出該酶屬於哪一個亞類，第三個數字指出該酶屬於哪一個亞亞類，第四個數字則表明該酶在亞亞類中的排號。編號之前冠以EC，例如EC1.1.1表示氧化還原酶。