酶在食品行業中扮演著關鍵角色，其在不同領域的套用如下：
啤酒釀造。酶在啤酒釀造中起著重要作用，例如澱粉酶加速澱粉轉化成糖分的過程，提高啤酒的產量和質量。葡萄糖氧化酶減少啤酒中殘留的溶解氧，延長保質期。α-乙醯乳酸脫羧酶加快釀造效率，縮短成熟周期。葡聚糖酶與葡萄糖苷酶降低麥芽汁的黏度，保證啤酒的清澈和良好品相。
果蔬加工。酶用於提取果膠、果蔬汁、增香、除異味和控制基因表達以保鮮果蔬。例如，果膠酶在漿榨汁前分解果膠，降低果汁粘度，提高出汁率。纖維素酶降解果蔬中的纖維素，提高可溶性固形物含量。
澱粉加工。酶在澱粉加工中的套用包括液化澱粉成糊精，以及進一步處理製成各種澱粉糖漿。葡萄糖異構酶用於生產果葡糖漿，通過轉化葡萄糖成果糖。
乳品加工。乳品工業中使用的酶包括凝乳酶、乳糖酶、過氧化氫酶、溶菌酶和脂肪酶。凝乳酶用於製造乾酪，乳糖酶分解牛奶中的乳糖，脂肪酶增加乾酪和黃油的香味。
果汁脫苦。例如柚苷酶用於去除柑橘汁中的苦味物質，提高果汁品質。
果蔬罐頭加工。在橘子罐頭生產中，酶法用於脫除囊衣，其主要成分是纖維素、半纖維素和果膠，通過添加相應的酶，降低這些成分與果肉的結合力，從而除去囊衣。