醌式化合物是一類含有環己二烯二酮或環己二烯二亞甲基結構的有機化合物，通常具有兩個雙鍵的六元環狀二酮結構。醌類化合物大多是非芳香、有顏色的化合物，其顏色與結構中的共軛體系大小有關，例如，對位醌多半為黃色，鄰位醌多半為紅色或橙色。
醌類化合物在自然界中廣泛分布，存在於多種植物、動物和微生物中，例如，蓼科的大黃、何首烏、虎杖，茜草科的茜草，豆科的決明子、番瀉葉，鼠李科的鼠李，百合科的蘆薈，唇形科的丹參等。這些化合物具有多種生物活性，如致瀉、抗菌、止血、擴張冠狀動脈等，對生物體的健康有著重要影響。
醌類化合物在化學結構上可以分為幾類，包括苯醌類、萘醌類、菲醌類和蒽醌類。苯醌類化合物主要有鄰苯醌和對苯醌兩種。萘醌類化合物則分為α(1,4)，β(1,2)及amphi(2,6)三種類型。這些化合物在化學反應性質上表現出多樣性，能進行加成反應和被還原等反應。