《鍊金工房》故事主要圍繞著魔法學院的學生、研究員愛麗絲展開，她為了實現父母“發現終極鍊金術”的遺願，而投身於各種實驗中。在探索過程中，她遇到了神秘的鍊金術士勞爾，以及追尋著自己過去真相的少女梅蒂爾。三人在各種各樣的冒險旅程中，將解開各種各樣的事件和謎團，不斷探索鍊金術的真理。
遊戲的主要劇情包括礦石鎮的鍊金術士、洋館的噩夢、蔚藍天空的秘密、歸還失落之記憶、迷失之記憶和生命禮讚等系列。每個系列故事都有不同的劇情分支和角色發展，玩家可以自由選擇角色進行遊戲，體驗不同的故事情節和角色經歷。
此外，該系列還涉及到一些冒險、解謎、戰鬥和鍊金術等多種元素，為玩家提供了豐富的遊戲體驗和挑戰。遊戲還採用了輕鬆愉快的遊戲氛圍和精緻的圖像音效設計，為玩家帶來舒適的遊玩環境和沉浸式體驗。