雲南省內的主要航空公司包括：
東航雲南分公司：原雲南航空，2002年與東航聯合重組後成為其下屬的航空運輸企業，2005年更名為中國東方航空雲南有限公司。東航雲南分公司的機隊規模已達到75架，包括波音737-800、空客A330以及全新的波音787-9和737MAX8客機。
昆明航空：由深圳航空投資建立，屬於國航系，成立於2009年。主要運營昆明到國內二三線城市的航班。機隊由波音737系列客機組成，包括波音737-700、737-800和737MAX8。
祥鵬航空：由雲南省國資委與海航集團共建，2016年轉型為廉價航空公司。祥鵬航空的窄體機隊由波音737（12架737-700、21架737-800和1架737MAX8）、空客A319、空客A320（含2架空客A320neo）和空客A330-300組成。
瑞麗航空：由雲南景成集團獨資組建，是一家純雲南背景的民營航空公司。機隊由波音737系列客機組成，包括波音737-700和737-800，以及訂購的6架波音787-9客機。
川航雲南分公司：成立於2009年，主要經營昆明至全國各省會城市以及雲南省內支線航班。機隊由空客A320系列客機組成。
雲南紅土航空：由多家雲南民營企業共同出資建立，成立於2014年。主要運營雲南旅遊航線，機隊由4架空客A320和2架A321組成。
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