雲南水豆豉的製作方法如下：
乾黃豆洗淨後泡發一夜，水需沒過豆子一寸，使用電飯鍋雜糧鍵煮至軟熟，過濾後保留煮豆水，加入少許鹽後放入冰櫃冷藏備用。
煮好的豆子放入優酪乳機中，設定32小時發酵時間，期間用紗布覆蓋並留出縫隙以便豆子透氣。
發酵完成後，豆子會有特殊氣味和粘絲，此時準備調料。
將冷藏的煮豆水逐漸加入發酵好的豆子中，避免一次性加入影響風味，可加入薑末、鹽、剁椒等調料拌勻。
攪拌均勻後，嘗味並根據需要調整鹹度，確保比炒菜更鹹一些以防止酸化。
將拌好的水豆豉裝入玻璃瓶中，密封後放置於陰涼處常溫保存3天，之後放入冰櫃冷藏15天後即可食用。
此外，要注意煮豆子的水量和比例，確保豆子煮熟但不過分乾燥；發酵時間根據溫度和豆子狀態調整，通常在溫暖地方需一周左右；保存時確保容器無水無油，避免變質。