史蒂芬·霍金有過兩位妻子：
第一任妻子是簡·懷爾德（Jane Wilde）。霍金和簡在劍橋大學期間相識相愛，並於1965年結婚。他們的婚姻持續了25年，直到1990年離婚。在這段時間裡，簡放棄了她的職業生涯，全心投入照顧霍金和他們的三個孩子。霍金和簡的離婚部分原因是由於他們之間的信仰差異，霍金是無神論者，而簡是虔誠的天主教徒。
第二任妻子是伊萊恩·梅森（Elaine Mason）。伊萊恩曾是霍金的護士，兩人在1995年結婚，這場婚姻持續到2006年離婚。伊萊恩在霍金的第一任妻子簡離開後，接替了照顧霍金的角色。